Nelle prime fasi di gioco il giocatore deve scegliere uno fra i tre nuovi Pokémon iniziali, Chespin (di tipo Erba), Fennekin (di tipo Fuoco) e Froakie (di tipo Acqua) ed affiancarlo successivamente ad uno fra i classici Pokémon iniziali di Pokémon Rosso e Pokémon Blu, Charmander, Bulbasaur e Squirtle.
Esplorando la vasta regione di Kalos il giocatore, nel panni di un Allenatore di Pokémon, dovrà combattere e reclutare un esercito di Pokémon allo scopo di completare il Pokédex e di diventare l'Allenatore più forte dell'intera regione, sconfiggendo gli altri Allenatori della Lega Pokémon ed in seguito i vari Capipalestra.
Pokémon X e Pokémon Y vede anche l'introduzione di nuovi nemici, i membri del Team Flare. Sarà compito del giocatore capire quali siano le loro losche mire e fare di tutto per fermarli.
Le megaevoluzioni costituiscono una delle novità più rivoluzionarie di Pokémon X e Pokémon Y. Quando il Megacerchio (un particolare braccialetto indossato dall'Allenatore) e la Megapietra posseduta dal Pokémon entrano in sintonia è possibile dare inizio alla Megaevoluzione. Un Pokémon megaevoluto sarà in grado di attingere a una potenza molto superiore, in grado di capovolgere le sorti di uno scontro in men che non si dica!
Pokémon X e Pokémon Y introducono anche due Pokémon eggendari scoperti di recente: Xerneas e Yveltal! Un fitto mistero circonda i due Pokémon. La loro importanza nel viaggio sarà svelata al giocatore a tempo debito! Oltre ai due nuovi Pokémon leggendari, tantissimi nuovi Pokémon di sesta generazione vanno ad aggiungersi a quelli già noti